A mediados del siglo XX se registra en Chiclana un déficit escolar importante. Es por ello por lo que en el 1949 el Ayuntamiento inicia las gestiones con la Comunidad Agustino Recoleta de San Telmo para establecer un colegio. Estas no fructifican hasta 1954. La Corporación local ofrece los locales del antiguo Centro Escolar "Calvo Sotelo", adjunto a la vivienda de los religiosos, para la pronta apertura. En 1955 se reúnen frailes y ediles y se empieza a acondicionar el local.

El Colegio San Agustín nace el 2 de Octubre de 1955, se celebra una Eucaristía al Espíritu Santo presidida por el Sr. Obispo y con asistencia de autoridades civiles y eclesiásticas. Se inicia con cuatro grupos:

• Cultura General
• Ingreso
• Primero de Bachillerato
• Segundo de Bachillerato

En 1956 se amplía en un grupo, 3º de Bachiller, y se contratan los dos primeros profesores seglares: un licenciado en Ciencias y el profesor de Educación Física. Había por aquel entonces 150 alumnos. Fue reconocido oficialmente por el Ministerio de Educación como colegio de Bachillerato elemental el 11 de Enero de 1956.

Consta en los archivos que el 1957 las cuotas eran de 75 pesetas mensuales para los alumnos de cultura general y 200 pesetas a los de bachillerato.

Al finalizar el curso de 1959 se suprime el bachillerato  debido a ciertas dificultades y para el curso 1959-1960  pasa a ser colegio de Enseñanza Primaria para cuatro cursos.

Por orden ministerial de 19 de Septiembre de 1964 el colegio es declarado Subvencionad. Por orden Ministerial de 30 de Enero de 1965 se le concede la autorización definitiva para su funcionamiento legal.

Entre 1976 y 1981 el colegio pasa por una serie de dificultades debido a la escasez de espacio para acomodar el centro a las nuevas normativas de la E.G.B. Después de varias conversaciones con el Ayuntamiento ceden unos locales en la planta baja del mismo edificio realizando las obras de acomodación en 1981.

En 1985 se acomodan uinos locales junto al palenque para atender a preescolar y un grupo de guarderia.

La última reforma se hace en 1998 derribando el viejo palenque dando lugar a un edificio reformado para Educación Secundaria. Ese mismo año se construye un aula nueva en el antiguo edificio para Infantil de tres años. Queda así completado el colegio paraun línea de Educación Infantíl, Educación Primaria y Educación Secundaria Obligatoria.

Cabe resaltar la gran demanda de solicitudes para el ingreso de nuevos alumnos/as qe todos los años tenemos y que no podemos atender por tener todos los grupos completos.